home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / med9410p.zip / M94A3273.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-10-25  |  3KB  |  44 lines
  1.        Document 3273
  2.  DOCN  M94A3273
  3.  TI    Unusual A/G ratio in HIV-1 gp120 V3 loop proviral sequences obtained in
  4.        vivo.
  5.  DT    9412
  6.  AU    Gomez Carrillo M; Rabinovich R; Marquina S; Galvan V; Libonatti O; Natl.
  7.        Centre of Ref. for AIDS, Buenos Aires, Argentina.
  8.  SO    Int Conf AIDS. 1994 Aug 7-12;10(1):113 (abstract no. PA0072). Unique
  9.        Identifier : AIDSLINE ICA10/94369302
  10.  AB    OBJECTIVE: To analyze A/G ratio values of proviral V3 loop HIV-1
  11.        sequences and correlate them with some phenotypic features of the
  12.        corresponding variants. METHODS: After sequencing using the Sanger
  13.        method, A/G ratio values were calculated for 28 in vivo, 2 isolate
  14.        Argentine sequences and 21 published worldwide isolates. These values
  15.        were correlated with the phenotypic characteristics of the corresponding
  16.        variants. EIA assays were performed using synthetic peptides derived
  17.        from HXB2 and MN isolates sequences. The G-->A hypermutation phenomenon
  18.        was simulated for all sequences studied. RESULTS: Two distinct types of
  19.        in vivo V3 loop sequences could be distinguished: 14 presented an
  20.        unusually low A/G ratio value (lower than 2) and 14 beared
  21.        characteristics similar to the standard worldwide isolates. Unusual
  22.        sequences showed certain uncharged residues at positions 9 and 10 and a
  23.        low overall positive charge. Patients' sera corresponding to these
  24.        sequences showed higher reactivity against V3 loop peptides. Simulated
  25.        G-->A transitions originated polar and positive residues, resulting in
  26.        isolate-like charge distributions in usual sequences but not in unusual
  27.        ones, while isolates remained relatively stable. DISCUSSION AND
  28.        CONCLUSIONS: Unusual sequences might be present in patients with a
  29.        functional immune response but would not be adapted to culture
  30.        conditions. The G-->A hypermutation would occur less frequently in these
  31.        variants, and the resulting increase in antigenicity would favour their
  32.        elimination. The immune response and the G-->A hypermutation could act
  33.        as two balanced mechanisms in the generation of variants differing in
  34.        A/G contents.
  35.  DE    Base Composition  DNA, Viral/CHEMISTRY/*GENETICS  Human  HIV
  36.        Antibodies/BLOOD  HIV Envelope Protein gp120/*GENETICS/IMMUNOLOGY  HIV
  37.        Infections/IMMUNOLOGY/MICROBIOLOGY  HIV-1/*GENETICS/IMMUNOLOGY/ISOLATION
  38.        & PURIF  Mutation  Peptide Fragments/*GENETICS/IMMUNOLOGY  Phenotype
  39.        Proviruses/*GENETICS/IMMUNOLOGY  Variation (Genetics)  MEETING ABSTRACT
  40.  
  41.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  42.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  43.  
  44.